支付宝，这个被估值50亿美元的业务，2009年6月以前，其全资控股股东为阿里巴巴集团全资子公司Alipay e-commerce corp，注册于开曼群岛。而雅虎和软银分别占有阿里巴巴集团43%和29.3%的股份。

    2009年6月，浙江阿里巴巴以1.67亿向支付宝的原股东、阿里巴巴全资子公司AlipayE-commerceCorp收购了支付宝的70%股权；去年8月，浙江阿里巴巴又以1.65亿收购了剩下的30%股权。雅虎公司于5月11日向美国证券交易委员会（SEC）提交了一份文件，文件显示其持股43%的阿里巴巴集团已经将核心资产支付宝的所有权转让给马云控股的另一家新公司。

雅虎发表声明称，阿里巴巴攻其不备，在3月31日才告知支付宝所有权变更一事，且未获得董事会或股东的批准。由此引发的一场关于“民族感情、金融安全、契约精神”等的大讨论。被雅虎投资方质疑“偷走”支付宝，对此，马云回应，这是为了符合央行关于第三方支付企业的股权构成的规定，董事会没有一次不参与讨论，雅虎是知情的。

    6月14日，马云在杭州召开新闻发布会，自陈终止支付宝协议控制经过：今年一季度，在股东反对、董事会未通过的情况下，马云做出“非常艰难但惟一负责任”的决定，单方面决定断掉支付宝与阿里巴巴集团之间的协议控制关系，以获取央行发放的支付牌照。

    6月22日，雅虎、阿里巴巴和软银发布联合声明，称关于支付宝股权的谈判已取得“实质性、令人鼓舞的”进展，有望达成协议。

    在联合申明中，三方称：“我们的目标是在满足所有股东利益的前提下，稳步达成协议。我们不会就进一步细节发表评论，直到时机适宜时为止。”

    6月24凌晨，支付宝事件的第三方雅虎召开了股东大会。与日本的和风不同，雅虎女CEO巴茨在股东大会上遭受股东的问题“围攻”，股东代表认为巴茨导致人才流失、广告市场份额下降和营收增长乏力，也有股东对雅虎在支付宝事件中的表现表示不满。但巴茨以“联合协议已表示不会公布谈判细节”为由，拒绝对支付宝问题进行回复。